Biologie moléculaire: identification par amplification génique (MO-BM-002)

 

Déroulement des tests d'amplification génique

 

 

 

1 -Zone pré-Amplification

 

 

 

 

2 - Zone "propre"

 

 

 

 

 

 

 

3 - Zone post-Amplification

 Pièce comportant plusieurs appareillages dont un appareil d'amplification génique (PCR), une hotte, des cuves d'électrophorèse avec leur générateur, le lecteur de gel sous UV, un ordinateur, voire un congélateur.

 

 

 

 

 

 

Equipement indispensable: un appareil d'amplification génique (PCR) de type standard

 

 

 

ou deux pour les chanceux !

 

 

ou plus encore pour les très chanceux

 

 

- Une ou plusieurs cuves d'électrophorèse avec leur générateur et la mise en place d'un gel.

 

 

 

 

- Etape de visualisation du gel par la lecture sur une table UV (Fluorochrome = bromhydrate d'éthidium). L'observation doit s'effectuer dans le noir.

 

 

 

 

 

 

Exemples de modèles: simple (avec un appareil de type Polaroïd®) ou permettant la numérisation des images.

 

 

 

 

 - Voici un gel d'électrophorèse d'une série de PCR, les amorces étant spécifiques du gène mecA (résistance aux ß-lactamines) et du gène gyrA de Staphylococcus aureus.

 

 Il existe des équipements spécialisées

 

Test d'amplification AMPLICOR : Deux méthodes sont utilisées pour la détection de M. tuberculosis complex :

 

- Amplicor M. tuberculosis complex : détection manuelle (en microplaques).

 

- Cobas Amplicor M. tuberculosis complex : détection automatisée ( Cobas) avec amplification par la Taq polymérase de la partie spécifique du gène de l'ARN 16 S.

 

 

 

 

Test d'amplification AMTDT

Ce test repose sur l'amplification d'une cible d'ARN ribosomal par la reverse transcriptase. Le DNA complémentaire est ensuite transcrit en RNA par la RNA polymérase. Il est hybridé à une sonde ADN conjuguée à un marqueur chimioluminescent.