I - Objet

II - Recommandations générales

III - Modalités de prélèvements

I - Objet

Cette procédure a pour objet de définir les modalités de prélèvement, de transport, et de conservation des échantillons en vue de la recherche des mycobactéries.

 

II - Recommandations générales

. Effectuer le prélèvement si possible avant tout traitement anti-mycobactérien.

. Utiliser des récipients stériles, à usage unique, à fermeture hermétique, sans aucun additif.

. Eviter la contamination par l'eau du robinet ou tout autre liquide pouvant contenir des mycobactéries de l'environnement vivantes ou non et être à l'origine d'erreurs par excès.

. Eviter d'utiliser des écouvillons car le volume de prélèvement est insuffisant. De plus les mycobactéries du fait de leur hydrophobicité restent sur l'écouvillon.

. Ne pas ajouter de désinfectant ou de conservateur (Bouin) dans les prélèvements.

. Ne jamais envoyer le prélèvement recueilli dans une seringue montée.

. En cas de prélèvements jugés inacceptables, téléphoner au médecin prescripteur en lui expliquant les raisons du rejet et confirmer par écrit. Le prélèvement doit cependant être enregistré, noté comme inacceptable avec les raisons de la non -faisabilité. Le prélèvement récusé doit être conservé par le laboratoire au moins trois jours à + 4°C.

Si l'acheminement rapide est impossible :

. Les hémocultures ensemencées au lit du malade sont, en attendant leur incubation dans l'automate, mises à l'étuve à 37°C, ou à défaut conservées à température ambiante.

Les tubes Isolator® sont conservés à température ambiante.

. Tous les autres prélèvements, possiblement contaminés sont conservés au froid à + 4 °C jusqu'au transfert au laboratoire.

 

III - Modalités de prélèvements

 

A - Prélèvements d'origine pulmonaire

 

1 - Expectorations

L'émission des bacilles étant discontinue, on prélèvera des crachats trois jours de suite. Augmenter au-delà le nombre des prélèvements n'augmente pas le taux de positivité. Cinq millilitres de crachats sont nécessaires, à défaut de pouvoir les obtenir, le minimum exigible est de 2 ml. Chaque prélèvement fait l'objet d'un examen. Il convient de ne pas mélanger les crachats prélevés à des jours différents car le risque de contamination est augmenté et la sensibilité est diminuée.

La surveillance des malades traités ne devra débuter qu'après la troisième semaine suivant l'installation du traitement et se limitera à la réalisation d'un examen hebdomadaire. Un contrôle de culture est obligatoire au bout de 2 mois. Si ce contrôle s'avère positif, il est nécessaire de refaire un antibiogramme sur la nouvelle souche isolée.

Chez les patients séropositifs pour le VIH on effectuera facilement la recherche de mycobactériose pulmonaire même en présence de signes cliniques et radiologiques frustres.

Les expectorations du matin sont recueillies après brossage des dents et rinçage de la bouche à l'eau. Expliquer au patient qu'il doit tousser pour cracher et non cracher de la salive ou des mucosités naso-pharyngées.

Presser le crachoir sous sa lèvre inférieure pour ne pas contaminer l'extérieur du récipient.

 

2 - Crachats induits :

Les crachats induits c'est-à-dire émis après inhalation d'un aérosol de sérum physiologique stérile seront recueillis par un personnel compétent, protégé (masque) pour diminuer les risques de contamination.

 

3 - Tubage gastrique

Il consiste à prélever directement dans l'estomac, les sécrétions bronchiques qui ont été dégluties inconsciemment pendant le sommeil. Cette épreuve sera réalisée chez un sujet :

- Maintenu à jeun.

- Alité depuis la veille au soir.

- Le plus tôt possible après le réveil.

On utilise une sonde à usage unique, présentant à son extrémité distale, des perforations nécessaires au passage du liquide et, à son extrémité proximale, un embout auquel s'adapte la seringue nécessaire à l'aspiration. Quand la sonde est dans l'estomac, on monte la seringue sur l'embout, et le liquide gastrique est aspiré.

Il faut recueillir 5 à 6 ml d'aspiration du liquide gastrique dans un récipient stérile, puis injecter dans l'estomac 20 à 30 ml de sérum physiologique stérile, les réaspirer et les mélanger à l'aspiration.

Le tubage gastrique est à effectuer pendant trois jours de suite.

L'acidité gastrique est néfaste pour les mycobactéries. Traiter dans les 4 heures qui suivent le recueil, sinon neutraliser avec 100 mg de bicarbonate de soude. Fournir au personnel préleveur des récipients contenant 100 mg de bicarbonate de soude si les délais d'acheminement prévisibles sont supérieurs à 4 heures.

 

4 - Produits d'aspiration trachéale ou trachéobronchique chez les malades intubés

C'est une pratique couramment réalisée en réanimation. Elle consiste à introduire une sonde d'aspiration par la canule de trachéotomie et à aspirer les sécrétions de l'arbre respiratoire. Celles-ci sont adressées au laboratoire où elles sont manipulées de la même façon que le serait un crachat.

5 - Prélèvements réalisés sous fibroscopie

Ces prélèvements sont obtenus sous contrôle visuel grâce à l'introduction d'un fibroscope qui permet de réaliser des prélèvements au niveau d'une zone anormale.

. L'aspiration bronchique

Les produits d'aspiration sont dilués dans l'eau distillée stérile et recueillis dans un flacon stérile. Au laboratoire, ils sont le cas échéant centrifugés et traités comme un crachat.

. Le brossage endo-bronchique

Il consiste à prélever par brossage, à l'aide d'une petite brosse, au contact de la lésion suspecte. La brosse est ensuite recueillie, placée dans un liquide de transport (1 ml) et acheminée au laboratoire. Le liquide de transport y est traité comme un crachat. La faible quantité de produit prélevé limite la sensibilité de ce prélèvement.

. La biopsie transbronchique

. Le liquide de lavage broncho-alvéolaire.

 

Remarque :

La fibroscopie étant responsable d'une irritation bronchique, celle-ci se manifeste dans les heures qui suivent par l'émission de crachats. Il est important de recueillir les crachats post-endoscopie, leur taux de positivité est élevé.

 

B - Autres prélèvements

 

 1 - Liquides de ponction

Prélever sur anticoagulant les liquides sérofibrineux (liquide pleural, liquide d'ascite, liquide céphalo-rachidien hémorragique, liquide articulaires...).

Utiliser de l'héparine ou du SDS. Exclure l'EDTA qui inhibe la croissance des mycobactéries.

Il faut recueillir 10 à 15 ml de liquide de ponction car il s'agit de prélèvements le plus souvent pauci-bacillaires. Pour le liquide céphalo-rachidien, au moins 2 ml sont nécessaires.

Les prélèvements de petit volume, supposés non contaminés peuvent être ensemencés au lit du malade dans un milieu de culture liquide.

 

2 - Sang

Chez les malades immunodéprimés (SIDA), les infections provoquées par les mycobactéries sont fréquentes. La présence des mycobactéries dans le sang est constante mais en faible quantité. On pratiquera trois prélèvements dans la journée, la répétition des prélèvements vise à augmenter le volume ensemencé.

Selon la méthode utilisée, la procédure varie :

Isolator®(Merck - Clevenot) :

Prélever 10 ml de sang

Acheminer rapidement au laboratoire. En cas d'impossibilité, ce prélèvement peut être conservé 24 h à température ambiante sans diminution trop importante du nombre de bactéries viables (validé uniquement pour MAC).

Septi-Chek® (Becton-Dickinson)

Pour l'ensemencement respecter les recommandations du fabriquant.

Acheminer rapidement au laboratoire. En cas d'impossibilité, ce prélèvement peut être conservé à 35-37¡C, ou à défaut à température ambiante.

Bactec radiométrique ®(Becton-Dickinson)

Ensemencer un flacon 13 A au lit du malade. Acheminer rapidement au laboratoire, et incuber à 37¡C. Chez les malades traités, pour limiter l'effet inhibiteur éventuel des antibiotiques, il peut être recommandé de réaliser simultanément un prélèvement sur tube Isolator, ce qui permettra de réaliser des dilutions afin de limiter le phénomène de carry over.

On peut également recueillir le sang sur tube vacutainer type SDS.

 

3 - Moelle osseuse

Prélever sur anticoagulant (SDS ou héparine). Il est possible de prélever sur Isolator® pédiatrique (1,5 ml) ou d'ensemencer au lit du malade dans un flacon pour hémoculture-mycobactéries contenant un agent lysant les cellules. Acheminer rapidement au laboratoire.

 

4 - Urines

Le prélèvement porte sur les urines émises au lever. Cinquante millilitres sont recueillis stérilement. Le prélèvement est acheminé rapidement au laboratoire. La recherche de mycobactéries dans les urines est réalisée après avoir vérifié la présence de leucocytes et l'absence de bactériurie à germes banaux.

Il est conseillé de réaliser 3 prélèvements à 3 jours d'intervalle.

 

5 - Selles

Recueillir au moins 1 g de selles dans un pot stérile. Le prélèvement doit être conservé au froid (+ 4° C).

 

6 - Tissus : ganglions, biopsies, peau, os...

Prélever le plus stérilement possible au moins 1 g de tissu dans un tube sec stérile. L'acheminer le plus rapidement possible au laboratoire, ou le mettre à + 4°C. Pour éviter la dessiccation de fragments de très petite taille, on ajoutera

2 à 3 gouttes d'eau distillée ou d'eau physiologique stérile

 

7 - Abcès - lésions cutanées - plaies - liquides d'aspiration...

Désinfecter la peau à l'alcool avant de ponctionner.

Transvaser dans un tube sec stérile. En cas de très faible volume transvaser dans quelques ml de milieu de culture liquide (7H9 ou Youmans).

Pour les lésions cutanées, prélever à la périphérie des lésions.

Si seul le prélèvement par écouvillon est possible, utiliser un écouvillon d'alginate, de polypropylène ou de polyester placé dans un milieu de transport. Savoir qu'un résultat négatif sera sans valeur et le préciser dans le résultat rendu au clinicien : "prélèvement sur écouvillon - Examen non contributif".

 

8 - Frottis cutanés

Ils sont réalisés dans des situations bien précises (lèpre, ulcère de Buruli...). Les frottis seront de préférence effectués par le biologiste.