La notion de maladie virale remonte à la fin du XIX ème siècle, avec la mise en évidence d’affections transmissibles par des agents ultra-filtrables et invisibles en microscopie électronique. Les virus, initialement définis par leur taille, sont retrouvés chez toutes les espèces animales, chez les végétaux (y compris les algues et les champignons), chez les bactéries (bactériophages).
Deux cents espèces sont pathogènes chez l’homme. La majorité des maladies virales sont bénignes (ex : rhinites). D’autres présentent une gravité certaine (ex : encéphalites, SIDA, hépatites, fièvres hémorragiques). Enfin certains virus jouent un rôle dans le développement de tumeurs malignes et de cancers.
1. QU'EST-CE QU'UN VIRUS ?
C’est en 1953 que André LWOFF a énoncé les trois caractères fondamentaux faisant des virus des entités originales :
1/ les virus ne contiennent qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN) qui constitue le génome viral.
2/ les virus se reproduisent à partir de leur matériel génétique et par réplication.
3/ les virus sont doués de parasitisme intracellulaire absolu.
Sous des aspects d’unités très rudimentaires, les virus constituent une forme très élaborée de parasitisme. Ils ne peuvent se reproduire qu’au sein de cellules vivantes ; ne possédant aucun système d’énergie, ils détournent la machinerie cellulaire à leur profit pour se répliquer et assurer leur pérennité. Ils constituent en quelque sorte des structures extrêmement simples dont l’ensemble des éléments protège quelques petits bouts de code génétique ayant pour objectifs de s’infiltrer dans une cellule pour la parasiter, puis la détruire.
Le terme de virus donné aux virus informatiques évoque bien la malignité et la perversité des virus qui, chez l’homme, peuvent être responsables de désordres complexes pouvant détruire les cellules, puis altérer les tissus, puis induire des relations complexes avec le système immunitaire pouvant aller jusqu’à le détraquer littéralement et par exemple conduire au sida et à la mort du sujet infecté.
En définitive, à l’aide de quelques gènes, les virus peuvent altérer et modifier les programmes de fonctions intracellulaires à leur profit, avec pour objectif final de transformer l’organisme infecté en agent contaminant, capable de propager l’infection et d’assurer la survie du virus.
1-1. Le génome
Un virus comporte toujours un génome qui est du DNA ou du RNA, de sorte que dans la classification des virus on distingue en premier lieu virus à DNA et virus à RNA. Ce génome peut-être monocaténaire (simple brin) ou bicaténaire (double brin).
1-2. La capside
Le génome est emballé dans une structure protéique appelée capside, d'un mot grec, capsa, signifiant boîte. La capside protège le génome. Elle a une conformation géométrique qui, selon les virus est, soit tubulaire, soit polyédrique. On appelle nucléocapside la structure compacte formée par l'assemblage de la capside autour du génome.
- nucléocapside tubulaire ou hélicoidale. C'est un tube enroulé en peloton (pour ce qui concerne les virus humains ou animaux, ce peloton est lui-même enveloppé dans un 3ème élément appelé péplos).
- nucléocapside polyèdrique. Ce n'est pas n'importe quel polyèdre mais un icosaèdre : polyèdre à 20 faces qui sont des triangles équilatéraux, et 12 sommets. Vu sous un certain angle, l'icosaèdre présente un contour hexagonal.
Il faut retenir que les capsides tubulaires comme les capsides polyédriques, sont faites de protéines virales polymérisées et que ces structures ont été sélectionnées dans la nature en raison de leur grande stabilité (Ex : ballon de football à 12 pièces noires et 20 pièces blanches a pour structure de base un icosaèdre).
Exemple de virus icosaédrique très simple : les poliovirus.
1-3. L'enveloppe ou péplos
D'un mot grec signifiant manteau, c'est l'élément le plus externe de certains virus. La présence ou l'absence d'enveloppe règle en grande partie le mode de transmission des maladies. Tous les virus humains et animaux à capside tubulaire ont un péplos mais seuls certains virus à capside icosaédrique en sont pourvus (Herpesviridae, Togaviridae, Flaviviriae).
Qu'est-ce que le péplos ou enveloppe ? Ce terme évoque une structure souple et, de fait, le péplos est une membrane, dérivée des membranes cellulaires, cytoplasmique ou nucléaire, selon les virus. En effet, les virus à péplos terminent leur multiplication dans la cellule par bourgeonnement. Des glycoprotéines d’origine virales s’insèrent dans cette couche bilipidique.
Ainsi, la capside et le génome d'un virus enveloppé comme le virus de la grippe s'assemblent en une nucléocapside sous la membrane cytoplasmique. Le virus va sortir de la cellule, non pas en faisant éclater cette cellule mais en formant un bourgeon au détriment de la membrane cytoplasmique. Ce bourgeon va s'isoler pour former un virus entier, libre, capable d'infecter une nouvelle cellule ou un nouveau sujet. L'enveloppe de ce virus de la grippe est la membrane cytoplasmique de la cellule infectée, mais modifiée par l'adjonction de glycoprotéines virales. Les lipides de l'enveloppe sont, eux, d'origine cellulaire.
C'est en revanche dans le noyau que s'assemblent la capside et le génome des virus de la famille des Herpesviridae. Le virus va sortir de la cellule par bourgeonnement de la membrane nucléaire, plus précisément par bourgeonnement de la lamelle interne de cette membrane. Le péplos des virus du groupe Herpès est fait de la membrane nucléaire modifiée par l'adjonction de glycoprotéines virales.
Les virus nus. Certains virus n'ont pas de péplos. Les poliovirus par exemple en sont dépourvus. Ce sont des virus "nus".
Que cela change t-il d'avoir ou de ne pas avoir de péplos ?
Le fait d'avoir un péplos rend le virus très fragile. Le péplos a, en effet, la fragilité des membranes cellulaires dont il dérive. C'est une membrane aussi fragile que n'importe quelle membrane biologique. Un virus, quel qu'il soit, pour être infectant doit être entier. Or, il y a deux sites où les virus à enveloppe vont dégrader rapidement leur enveloppe et du même coup perdre leur pouvoir infectieux : le milieu extérieur et le tube digestif. Dans ces mêmes endroits les virus nus, sans péplos qui ont simplement un génome et une capside (capside icosaédrique), vont résister beaucoup plus longtemps.
Cela explique l'épidémiologie virale, qui a trait à la transmission des infections virales d'un individu à un autre. Le virus de la fièvre aphteuse est évidemment un virus nu.
Dans le milieu extérieur, les virus à péplos ne vont pas survivre longtemps car ils vont être inactivés par deux facteurs : la température, même la température ordinaire, et la dessication. Cela n'a rien de surprenant : les membranes cellulaires sont détruites dans le milieu extérieur et si les cellules bactériennes survivent très bien, c'est parce qu'elles protègent leur membrane cytoplasmique par une paroi. Si une cellule bactérienne se trouve sans paroi, la bactérie fragilisée meurt. Les virus à péplos sont aussi fragiles que des bactéries dont on aurait supprimé la paroi !
Dans le tube digestif le péplos est rapidement digéré par les enzymes digestives. Donc, les virus à péplos, les virus de la grippe, les virus de la famille des Herpesviridae ne résistent pas dans les selles. A l'inverse les poliovirus sont trouvés dans les selles qui sont le moyen essentiel de dissémination de la maladie.
2 exemples :
De tout ce qui précède, il résulte qu'on peut opposer presque point par point la transmission de la grippe et la transmission de la poliomyélite.
- la transmission de la grippe se fait directement par contact rapproché de deux sujets et par voie aérienne uniquement. On respire les microgouttelettes infectantes projetées par la toux du sujet grippé. Les virus de la grippe ne résistent pas longtemps à l'air. On ne les retrouve pas dans la poussière. Ils ne sont pas excrétés dans les selles ; on ne les retrouve pas dans les eaux usées. On ne s'infecte pas par ingestion mais par inhalation, en face du sujet grippé.
D'autre part, la brève survie des virus de la grippe dans l'air, autour des sujets infectés, sera favorisée si l'air est humide et froid puisque le péplos craint la chaleur et la dessication. Rien d'étonnant à ce que, dans les hémisphères Nord et Sud, la grippe sévisse l'hiver et non l'été.
- la transmission de la poliomyélite. On a affaire à des virus relativement résistants qui peuvent persister plusieurs jours dans le milieu extérieur, surtout si c'est dans l'eau. Ils sont excrétés non seulement dans les microgouttelettes respiratoires mais bien plus encore dans les selles et cela pendant des semaines. On va donc les retrouver dans les eaux usées. Ainsi, la transmission des poliovirus pourra se faire de 2 façons :
1/ comme pour la grippe, par contact direct rapproché, respiratoire, en face d'un sujet infecté ;
2/ mais surtout par contamination indirecte faisant intervenir les selles, par contamination fécale-orale, c'est-à-dire, ingestion du virus avec des aliments contaminés, consommation d'eau contaminée, bains de rivière. La transmission des infections à poliovirus est évidemment favorisée par les mauvaises conditions d'hygiène. Les épidémies de poliomyélite survenaient surtout l'été où l'on se baigne, où l'on consomme des végétaux crus, où les orages perturbent la circulation des eaux usées (normalement les eaux de W.C. passent par des circuits séparés mais en cas d'orage brutal les vannes qui les contiennent sont débordées). Ces épidémies de poliomyélite persistent dans tous les pays du Tiers Monde où la vaccination fait défaut.
En somme, le virus de la poliomyélite, qui est un entérovirus, a à tous égards un mode de propagation superposable à celui des entérobactéries. Chaque fois qu'on étudiera un virus il faudra savoir s'il possède ou non un péplos. La nature du génome, DNA ou RNA intervient, elle, pour comprendre la chimiothérapie. Quant à la conformation de la capside, tubulaire ou icosaédrique, elle a en elle-même peu de conséquence pour ce qui intéresse la virologie médicale mais il se trouve que tous les virus humains à capside tubulaire ont un péplos d'où une transmission par contacts rapprochés.
1-4. La classification des virus
Elle repose désormais sur la structure des virus et non plus sur leur pouvoir pathogène ou leur taille. Les trois premiers critères de la classification sont, dans l'ordre, la nature de l'acide nucléique du génome, DNA ou RNA, la conformation de la capside, tubulaire ou icosaédrique, et enfin la présence ou l'absence de péplos.
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